Al ver la década de los años 90 en retrospectiva, es evidente que ese período de la historia guatemalteca está marcado por la disminución en los niveles de violencia y por lo intenso de las negociaciones de paz entre el gobierno y la guerrilla. Las pláticas culminaron con la firma del acuerdo de paz en los últimos días de diciembre de 1996. No obstante, esos seis años, previos al acuerdo, vieron correr sangre y un refinamiento de las tácticas represivas, que fueron selectivas.

La represión de 1989 había desarticulado en forma parcial el movimiento estudiantil. Las actividades promovidas por la AEU se limitaban a los deportes y la cultura, esto por el temor de los estudiantes a participar en actividades que llamaran la atención del aparato represor.

De cualquier forma, como cada año, los guatemaltecos podían encontrar la crítica estudiantil y el rechazo a las medidas del régimen en el tradicional desfile bufo universitario. Fue durante las vísperas de la Huelga de Dolores de 1992, cuando ocurrió un hecho que ejemplifica el tipo de persecución que sufriría el movimiento estudiantil en esta nueva década. Esta vez, la violencia, aunque no era premeditada, era producto de años de enfrentamiento que desembocaron en odios difíciles de olvidar por ambos bandos.

La noche del jueves 10 de abril, previa al desfile bufo de ese año, un grupo de estudiantes que preparaban las carrozas en el Paraninfo Universitario salieron a comprar cigarros. Al volver, mientras caminaban por la Avenida Elena y 13 calle, una patrulla del Hunapú (fuerza integrada por la Policía Militar Ambulante, la Policía Nacional y la Guardia de Hacienda) pasó cerca de los estudiantes. Al parecer, uno de los universitarios insultó a gritos a los militares de la patrulla. La reacción de éstos fue abrir fuego en contra de los estudiantes que iban desarmados. Cinco universitarios resultaron heridos y otro más, Julio Cu Quim de la Facultad de Humanidades, murió.

Por este crimen, y sólo después de una ardua labor del Departamento Jurídico de la Universidad, los integrantes de la patrulla policial fueron llevados a los tribunales. Las trabas legales y los burdos recursos de la defensa no permitieron que el caso llegara a juicio rápidamente. Una vez más el Estado retardaba la justicia en detrimento de los universitarios.

En 1990, Jorge Serrano Elías había ganado sorpresivamente los comicios presidenciales, para luego llegar a la Casa Presidencial sin siquiera tener en sus manos un plan de trabajo. Para mayo de 1993, la administración Serrano Elías afrontaba una serie de protestas por las medidas económicas antipopulares que pretendía imponer, además de algunas acusaciones de corrupción. El 25 de ese mes, alentado por los militares, el gobernante decidió suprimir el Congreso de la República, la Corte Suprema de Justicia y las garantías individuales. Esta nueva modalidad de golpe de Estado, iniciada por Alberto Fujimori en Perú, no rindió sus frutos en Guatemala. Se conformó una amplia oposición a favor del constitucionalismo. Durante el estado de sitio, la San Carlos fue punto de muchas reuniones, una vez más aprovechando su calidad de autónoma. Ocho días después del golpe, al haber perdido los favores del ejército, Serrano y sus más cercanos colaboradores salían al exilio en Panamá.

Después del golpe, durante el gobierno de Ramiro de León Carpio, la preocupación por los problemas de los más necesitados continuó en la San Carlos. El trabajo de las organizaciones universitarias fue de acompañamiento a los grupos campesinos e indígenas, en especial con los desplazados o refugiados por el conflicto armado interno. Y como en años anteriores, los estudiantes continuaban apoyando a los pobladores urbanos en sus luchas.

Durante una de esas jornadas, en noviembre de 1994, otro hecho de sangre enlutó a la comunidad universitaria. Una vez más, como en 1978 y 1985, una alza al transporte urbano provocó fuertes choques entre las fuerzas de seguridad y jóvenes, y por más de ocho días se repitieron los enfrentamientos. Decenas de buses fueron quemados en los barrios periféricos de la ciudad o en el mismo centro, mientras el régimen empleó su fuerza represiva contra quienes protestaban, convirtiendo a la ciudad en un campo de batalla. Luego de reuniones y pláticas entre representantes del movimiento popular y la administración municipal de Oscar Berger Perdomo, el viernes 11 de noviembre al mediodía se acordó dejar sin efecto el aumento.

A pesar de esa medida, esa misma noche en el campus universitario se realizó otra manifestación. A decir de algunos estudiantes, era una protesta por los universitarios heridos la noche anterior, cuando desconocidos dispararon contra una manifestación similar. A las siete de la noche, luego de que los estudiantes obstruyeron el paso por la Avenida Petapa, un carro pasó disparando en contra de los estudiantes. Minutos después, las fuerzas de seguridad uniformadas llegaron para reprimirlos.

Aunque unos estudiantes se replegaron, otros se quedaron a enfrentar a las fuerzas de seguridad, desatándose una nueva batalla campal. Luego de minutos de enfrentamiento, los manifestantes debieron replegarse al interior del campus. Los agentes de la Fuerza de Reacción Inmediata (FRI) y del Cuarto y Quinto Cuerpo de la Policía Nacional abrieron fuego con sus carabinas en contra de los estudiantes que huían. Uno de ellos, el estudiante de Derecho y miembro activo de la Asociación de Estudiantes "El Derecho", Mario Alioto López Sánchez, fue alcanzado por una bala.

Aunque varios de sus compañeros intentaron auxiliarlo, un grupo de policías, liderados por el segundo jefe del FRI, Carlos Escobar Fernández, les dio alcance. López Sánchez estaba gravemente herido y se desangraba en el pavimento. A pesar de ello, Escobar y otros agentes la emprendieron contra él a golpes. El estudiante agonizaba mientras que la policía impedía el ingreso de los cuerpos de socorro. Al día siguiente, Alioto López falleció en el Hospital Roosevelt a causa de los golpes recibidos (Prensa Libre: 13 noviembre 1994).

Alioto se convirtió en un símbolo para la nueva generación de estudiantes comprometidos. La lucha por llevar justicia a su caso involucró a todos los sectores universitarios. La rectoría, por ejemplo, nombró un grupo de abogados que presentó el caso ante los tribunales. A pesar de que otros casos no habían prosperado (como el de la Panel Blanca en 1987 y 1988, el asesinato de tres universitarios del CUNOC en 1989 y la muerte de Julio Cu Quim en 1992), después de dos años el caso Alioto llegó a juicio oral. Esta vez los acusados no sólo eran agentes policíacos, sino el jefe del FRI, Carlos Escobar, junto al entonces ministro de Gobernación Danilo Parrinello, el viceministro Mario Mérida y el jefe de la Policía Nacional, Salvador Figueroa.

El debate, que duró cerca de dos semanas, concluyó con una decisión histórica, al encontrar el tribunal culpables de la muerte de López Sánchez a los cuatro acusados. El fallo conmocionó a la población guatemalteca y tanto voces de apoyo como de protesta se dejaron escuchar. Por primera vez en más de 400 asesinatos y desapariciones de universitarios, altos funcionarios de las fuerzas de seguridad eran juzgados y condenados por su participación directa o indirecta en uno hecho así.

La alegría duró poco tiempo para los compañeros de López. Después de tres meses en prisión los altos funcionarios, a excepción de Escobar, fueron dejados en libertad. La justicia le jugó, una vez más, una mala pasada a la San Carlos.